1999年1～2月，为了配合长荆铁路建设（应城市长江埠镇至荆门市），湖北省文物考古研究所和天门市博物馆对铁路线经过的张家山新石器时代遗址进行了考古发掘。
1999年3～4月，湖北省文物考古研究所对秭归东门头遗址进行了第三次发掘。实际发掘面积约200平方米，出土一批新石器时代至清代的遗迹遗物。
1999年5～6月，湖北省文物考古研究所对宜昌上磨垴遗址残存部分进行了全面揭露。发掘面积达575平方米，发现了与楚文化关系密切的西周中期文化遗存和春秋时期冶铸遗存。
1999年7月～2001年12月底，为配合京珠高速公路的建设，湖北省文物考古研究所、咸市博物馆和赤壁市博物馆对赤壁土城遗址共进行了4次发掘，总发掘面积接近2000平方米。通过对内、外城墙的解剖，基本可以确定土城遗址为一战国中期至西汉中期的城址，另外发掘清理了近120座战国时期的墓葬。土城城址面积0.75平方公里，是一座典型的楚国地方城邑，年代跨越整个战国时期。城外东部发掘的王家岭、花园岭墓地以及城内西北角发掘的瓦棺、瓮棺墓均为战国墓是城内居民死后埋葬的公共墓地。土城城址的建筑方法与楚故都纪南城、宜城楚皇城、云梦楚王城等建筑方法相同，平面布局和城内出土的遗物，都具有浓郁的楚文化风格。
1999年8～10月，为配合京珠高速公路的建设，湖北省文物考古研究所对新窑村窑址群进行了考古调查和局部发掘。考古调查主要是对各窑址进行实地勘查和标本采集；考古发掘在陈家窑墩进行，揭露面积201平方米。
1999年8月～2000年1月，为配合三峡大坝二期工程建设，湖北省文物考古研究所对巴东杨家棚汉代遗址进行了发掘。发掘面积200平方米。出土一批汉代遗物。意外收获了六朝卜甲残片。
1999年11～12月，湖北省文物考古研究所考古小组对库区内的秭归大沙坝遗址进行了抢救性发掘。发掘面积500平方米。项目负责人杨权喜。
1999年，为配合三峡工程建设，湖北省文物考古研究所对巴东学堂包遗址进行了第二次发掘。
1999～2001年，三峡湖北工作站对秭归砂罐岭进行了考古调查、勘探、发掘。发掘面积2500平方米，清理墓葬12座。项目负责人周国平。
